A história começa com o suicídio de uma colega de Lain, mas o choque real vem quando essa mesma garota envia e-mails do além, afirmando estar viva dentro da rede. Isso marca o início da jornada de Lain — da inocência à transcendência digital.
O Wired não é apenas uma rede de computadores. É um espaço onde a consciência pode existir independentemente do corpo físico. À medida que Lain interage mais com o Wired, ela começa a perceber múltiplas versões de si mesma, levantando a questão: qual é a verdadeira?
A série também expõe como governos, empresas e entidades misteriosas manipulam a informação e observam os indivíduos. Os "Knights of the Eastern Calculus" são um culto digital que acredita que Lain é o novo Deus da rede, e fazem de tudo para empurrá-la para esse papel.
Lain começa a se desconectar de sua própria família. Seus pais se tornam figuras simbólicas, quase falsas. Ela passa a questionar: sua vida real é mesmo real ou apenas uma simulação imposta? O que resta de "humano" quando tudo pode ser digitalizado?
No clímax, Lain se torna onipresente no Wired. Ela reconfigura a própria realidade, apagando memórias, redesenhando histórias. Seu último ato é de compaixão: libertar todos da dor e do vício da conexão, mesmo que isso signifique apagar a si mesma.